ก่อนเดินทางไปนครจำปาศักดิ์นั้น หลวงปู่เสาร์เริ่มมีอาการอาพาธอันเนื่องมาจากท่านโดนผึ้งต่อย สาเหตุเพราะวันหนึ่งมีเหยี่ยวมาโฉบรังผึ้งใหญ่ที่ทำรังอยู่ให้ต้นยางใหญ่ข้างศาลา ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือ กิ่งไม้นี้อยู่สูงทอดไปทางทิศใต้ ทำให้รังผึ้งอยู่แนวทิศเหนือใต้ เรียกว่า “ผึ้งขวางตะวัน”
จากหนังสือ “หลวงปู่เจี๊ยะ จุนฺโท พระผู้เป็นดั่งผ้าขี้ริ้วห่อทอง” ที่หลวงปู่เจี๊ยะ จุนฺโท วัดภูริทัตตปฎิปทาราม อ.สามโคก จ.ปทุมธานี ท่านได้เมตตาเล่าเหตุการณ์ตอนนั้นให้ฟังว่า: “ในปลายปี พ.ศ. 2484 เรา (หลวงปู่เจี๊ยะ) ได้เดินทางติดตามท่านพระอาจารย์มั่น ไปพักที่วัดป่าสุทธาวาส จังหวัดสกลนคร ฉะนั้นในระยะ 3 ปีนี้เราเป็นพระอุปัฏฐากประจำ เมื่อเดินทางถึงสกลนครและพักฟื้นอยู่ที่วัดป่าสุทธาวาสได้ 2-3 วัน ท่านหลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล ก็มีจดหมายมานิมนต์ท่านพระอาจารย์มั่น เนื่องจากหลวงปู่เสาร์ป่วยหนัก ท่านพระอาจารย์มั่นจึงมอบหมายให้เราเดินทางไปอุบลฯ แทน เพื่อดูแลอุปัฏฐากในอาการป่วยของหลวงปู่เสาร์ และกราบเรียนตามที่ท่านพระอาจารย์มั่นสั่งมา เราจึงออกเดินทางโดยรถยนต์ยังจังหวัดอุบลราชธานีและเดินเท้าไปพบกับท่านหลวงปู่เสาร์ ที่วัดดอนธาตุ อำเภอพิบูลมังสาหาร จังหวัดอุบลราชธานี
“ก่อนหน้าที่เราจะมาถึงวัดดอนธาตุนั้นมีอยู่วันหนึ่ง ตอนบ่ายหลวงปู่เสาร์นั่งสมาธิอยู่ใต้โคนต้นยางใหญ่ พอดีขณะนั้นมีเหยี่ยวตัวหนึ่งได้บินโฉบไปโฉบมาเพื่อหาเหยื่อ จะด้วยกรรมแต่ปางใดของท่านไม่อาจทราบได้ เหยี่ยวได้บินมาโฉบเอารังผึ้ง ซึ่งอยู่บนต้นไม้ที่หลวงปู่เสาร์นั่งอยู่พอดิบพอดี รวงผึ้งนั้นได้ขาดตกลงมาด้านข้างๆ กับที่หลวงปู่เสาร์นั่งอยู่ ผึ้งได้รวมกันต่อยหลวงปู่หลายตัว จนท่านถึงกับต้องเข้าไปในมุ้งกลดพวกมันจึงพากันหนีไป จากเหตุการณ์ที่ผึ้งต่อยนั้นมาทำให้หลวงปู่เสาร์ป่วยกระออดกระแอดมาโดยตลอด เมื่อเรา (หลวงปู่เจึ๊ยะ) ถึงวัดดอนธาตุได้ 2-3 วัน หลวงปู่เสาร์ท่านอาการหนักขึ้นโดยลำดับ เราอยู่ปฏิบัติท่านจนกระทั่งหายเป็นปกติดีแล้ว”
ข้อมูลเพิ่มเติมจากหนังสือ “พระปรมาจารย์สายพระกัมมัฏฐาน ท่านพระอาจารย์เสาร์ กนฺตสีลเถระ” มีว่า : “ท่านพระอาจารย์เสาร์บอกว่า บุพกรรมข้อยตอนเป็นฆราวาสได้ไปหาปลาตอนน้ำลงที่บ้านข่าโคม และไปฟันปลา แล้วร้อยปลาเป็นพวงๆ บุพกรรมที่ทำลายชีวิตปลา ฆ่าปลา กรรมนี้จึงมาโดนกับข้อย” ท่านเคยบอกกับญาติโยมก่อนหน้าจะถูกผึ้งต่อยว่า “ข้อยสิตายจากเพราะผึ้ง” ญาติโยมที่นำน้ำผึ้งมาถวายท่านก็เลยไม่นำน้ำผึ้งมาถวายท่านอีกเลยตั้งแต่นั้นมา ซึ่งต่อมาท่านก็โดนผึ้งต่อยจริงๆ นับแต่นั้นมาองค์ท่านก็มีอาการเจ็บไข้ไม่สบายเรื่อยมา ประกอบกับความชราของท่านจึงได้มีอาการเจ็บป่วยของธาตุขันธ์อยู่เสมอ”
หลังจากที่ได้บำเพ็ญกุศลให้กับพระครูสีทันดรคณาจารย์ อุปัชฌาย์ท่านแล้วหลวงปู่เสาร์และคณะสงฆ์ได้พักอยู่บริเวณรุกขมูลในอำเภอท่าเปลือย หรือกำปงสลา ประมาณหนึ่งเดือนนั้น และมีกำหนดที่จะทำพิธีมาฆะบูชาที่บ้านนาดี พอเริ่มเข้าช่วงเดือน 4-5 อากาศเริ่มเปลี่ยนแปลง ฝนตกมากขึ้น ทำให้อาการของหลวงปู่เสาร์เริ่มป่วยเป็นไข้หวัด เพราะโดนฝนที่ตกอย่างหนักในขณะนั้น หลวงตาพวงเล่าให้ฟังว่า "ขณะนั้นฝนตกชุก ที่พักก็ใช้ใบไม้มามุงเป็นปะรำกั้นแดด แต่กั้นฝนไม่ได้ ไปอยู่สองสามวันแรกฝนตก นั่งทั้งคืนไม่ได้นอน”
ระหว่างนั้นหลวงปู่เสาร์ท่านมีอาการหอบเหนื่อยมากขึ้น ฉันอาหารไม่ได้ พระอาจารย์ดีจึงได้อารธนาท่านกลับบ้านท่านาดี ท่านก็ปฏิเสธ ในที่สุดพระอาจารย์ดีก็ได้ขออารธนานิมนต์หลวงปู่เสาร์กลับไปให้ถึงวัดอำมาตย์ก่อน หลวงปู่เสาร์ท่านก็ไม่พูดว่าอะไร ท่านนิ่งเฉยแสดงว่าท่านรับนิมนต์
จนกระทั่งผ่านวันมาฆะบูชาและอุโบสถกรรมเสร็จ คณะหลวงปู่เสาร์จึงได้เดินทางมาพักที่วัดกลาง เมืองมุลปาโมกข์ เพื่อรอเรือมารับกลับนครจำปาศักดิ์ต่อไป ก่อนการเดินทางกลับในวันรุ่งขึ้น เย็นวันั้นหลวงปู่เสาร์ได้ลงสรงน้ำในแม่น้ำโขงด้วยตนเอง ทั้งที่โดยปกติก็จะมีลูกศิษย์ลูกหาเป็นผู้อุปัฏฐาก ตักน้ำ ถวายสรง ถูเหงื่อไคล ให้ท่าน ครั้งนั้นเป็นการสรงน้ำครั้งสุดท้ายของหลวงปู่เสาร์ นั่นเอง
คณะสงฆ์พยายามที่จะพาหลวงปู่เสาร์กลับอุบลราชธานี แต่ก็ติดที่หนทางนั้นไกลและลำบาก มีแต่เรือถ่อเรือแจวที่ต้องพายทวนน้ำขึ้นไป หากเดินทางด้วยวิธีนี้ต้องใช้เวลาหลายวัน แต่จะเป็นด้วยบุญญาธิการหรือเทพาภินิหารประการใดก็ไม่ทราบ บังเอิญมีเรือกลไฟผ่านเทียบท่าช่วงนั้นพอดี นายอำเภอจึงได้กราบเรียนคณะสงฆ์ พอเช้าวันรุ่งขึ้นคณะสงฆ์จึงได้พาหลวงปู่เสาร์เดินทางไปนครจำปาศักดิ์ และเตรียมที่จะนั่งรถโดยสารต่อไปยัง จ.อุบลราชธานี
การเดินทางวันนั้นคณะสงฆ์และญาติโยมผู้ติดตาม ได้หามหลวงปู่เสาร์ลงเรือเล็ก แล้วเอาเรือที่ท่านนั่งผูกติดกับเรือกลไฟ เพื่อไม่ให้ท่านได้รับความกระทบกระเทือนมาก โดยมีพระอาจารย์บัวพาและพระอาจารย์กงแก้ว และเด็กชายเจริญ ลงเรือเล็กเพื่อดูแลหลวงปู่เสาร์ ส่วนพระอาจารย์ดี พระกองแก้ว พระอาจารย์สอ และคณติดตามคนอื่นๆ ขึ้นเรือกลไฟ
หลวงตาพวงเล่าให้ฟังว่า "วันนั้นรีบเดินทาง ข้าวปลาก็ไม่ได้เตรียม เพราะลูกศิษย์คิดว่า ระหว่างทางคงจะมีที่ขายอาหารแต่เรือไฟไม่ได้จอดพัก จึงมีแค่ข้าวเหนียวกับปลาแห้งถวายพระเณรองค์ละปั้น ใช้เวลาล่องเรือตลอดทั้งวัน จนกระทั่งประมาณ 5 โมงเย็นจึงได้เดินทางถึงนครจำปาศักดิ์"
เมื่อเรือจอดเทียบท่าเรียบร้อยแล้ว ลูกศิษย์ลูกหาต่างกุลีกุจอหามแคร่ไม้ไผ่ลงไปท่าน้ำ เพื่อรับหลวงปู่เสาร์มาบนบก ทั้งพระทั้งเณรฆราวาสญาติ โยมพากันเตรียมพร้อม เพราะต่างรู้การมาของหลวงปู่เสาร์เป็นการล่วงหน้าแล้ว คณะผู้ติดตามพร้อมคณะที่รอรับ รีบอุ้มหลวงปู่เสาร์ขึ้นนอนบนแคร่ไม้ไผ่แล้วหามท่านขึ้นจากเรือ มุ่งหน้าเข้าวัดอำมาตยารามตรงไปที่โบสถ์ตามที่ทางวัดได้จัดเตรียมไว้รับท่าน พอไปถึงพระอุโบสถ ก็วางแคร่ลงบนพื้นเบื้องหน้าพระประธาน
หลวงปู่เสาร์ท่านนอนสงบนิ่งเฉยเหมือนอยู่ในสมาธิหรือเข้าฌาน ไม่รับรู้อะไรทั้งสิ้น ท่านอยู่ในอาการนี้ตั้งแต่เริ่มออกเดินทาง ดูประหนึ่งว่าอดทนรอเพื่อให้ถึงวัดอำมาตยาราม ตามที่พระอาจารย์ดี ได้อาราธนาไว้ เมื่อศิษย์พาหลวงปู่เสาร์เข้าพักภายในโบสถ์เรียบร้อยแล้ว หลวงปู่บัวพาจึงได้กราบเรียนที่ข้างหูหลวงปู่เสาร์ว่า “ครูบาจารย์ ถึงแล้วจำปาศักดิ์ อยู่ในโบสถ์วัดอำมาตย์แล้ว” หลวงปู่เสาร์คงไม่ได้ยินชัดเจน แล้วถามกลับว่า “หือ ! วัดอำมาตย์บ้อ?” (วัดอำมาตย์หรือ?) หลวงปู่บัวพา ตอบว่า “โดย ข้าน้อย” (ครับ กระผม) ท่านลืมตาพูดว่า “ถึงแล้วใช่ไหม ให้นำเราไปยังอุโบสถ เราจะไปตายที่นั่น”
เมื่อหามองค์หลวงปู่เสาร์ถึงภายในโบสถ์ มหัศจรรย์อย่างเหลือเชื่อ หลวงปู่เสาร์ท่านลุกขึ้นนั่งด้วยองค์ท่านเอง ทั้งๆ ที่ก่อนหน้านี้ลูกศิษย์จะต้องช่วยประคองทุกครั้งเวลาจะนั่งหรือนอน แต่ครั้งนี้ท่านลุกขึ้นนั่งเหมือนกับไม่ได้ เจ็บป่วยเลย หลวงปู่เสาร์นั่งพับเพียบ ลำตัวโน้มไปข้างหน้า ใช้มือยันกับพื้น มือข้างหนึ่งอยู่ระหว่างเข่าทั้งสองข้าง อีกมือยันออกไปด้านข้างเล็กน้อยสายตามองไปที่องค์พระประธาน หลวงปู่เสาร์เรียกหาผ้าสังฆาฏิมาพาดบ่า แล้วจึงก้มหน้าลงแสดงท่ากราบพระประธาน ดูท่านจะไม่มีเรี่ยวแรง หลวงปู่บัวพา พระอาจารย์กงแก้ว จึงเข้าไปช่วยพยุง หลวงปู่เสาร์ท่านคงอ่อนเพลียมาก ไม่สามารถกราบแบบเบญจางคประดิษฐ์ได้ เพียงแสดง อาการก้มลงไปข้างหน้า 3 ครั้ง เมื่อกราบครั้งที่สาม ร่างท่านก็แน่นิ่งอยู่อย่างนั้นไม่ไหวติง
หลวงปู่บัวพา มีความคิดว่าถ้าประคองหลวงปู่เสาร์ให้นอนลง ท่านคงจะอยู่ในอิริยาบถที่สบายมากกว่า จึงได้ขอความเห็นจากพระเณรที่อยู่ ณ ที่นั้น พระเณรต่างก็เห็นด้วย พระอาจารย์ดี พระอาจารย์สอ พระอาจารย์กงแก้ว พระอาจารย์บุญเพ็ง และพระอาจารย์บัวพา รวม 5 องค์ ได้เข้าพยุงกายหลวงปู่ใหญ่ เพื่อจะโน้มให้ท่านลงนอน แต่แล้ว ทุกองค์ต่างเลิกล้มความตั้งใจ เพราะไม่สามารถทำให้ร่างหลวงปู่เสาร์ท่านขยับเขยื้อนได้ องค์ท่านไม่ไหวติงและหนักราวกับก้อนหินใหญ่
หลวงปู่บัวพา ได้สติก่อน จึงพูดว่า “พอแล้วๆ ไม่ต้องเอาท่านลงนอน ท่านคงต้องการจะไปในท่านี้” ศิษย์ทุกองค์จึงลงนั่งรอบองค์ท่าน เปิดช่องให้อากาศถ่ายเทได้สะดวก หลวงปู่เสาร์นั่งอยู่ในท่าก้มไปข้างหน้าอย่างนั้นประมาณ 20 นาทีมีเหงื่อผุดตามตัวท่านจนผ้าจีวรเปียก แต่ไม่มีใครกล้าไปแตะต้ององค์ท่าน มีเพียงพระอาจารย์กงแก้ว คอยระวังอยู่ด้านหลัง เพราะกลัวท่านจะล้ม พระอาจารย์ดี รีบเอาน้ำพ่นให้เป็นละอองฝอยรอบองค์ท่านเพื่อจะให้ชุ่มชื้นขึ้นหลวงปู่ใหญ่ ยังคงนั่งในท่านั้นไม่ไหวติง ต่อมามีอาการหายใจเฮือกใหญ่ 3 ครั้ง จนมองเห็นไหล่ทั้งสองยกขึ้น แล้วร่างท่านก็แน่นิ่งสงบไปเหมือนเดิม
พระอาจารย์บัวพาและพระอาจารย์เจี๊ยะหาเพ่งสังเกตไปที่จมูกของท่าน แล้วใช้มือแตะที่จมูกท่านจนแน่ชัดว่าท่านหมดลมปราณเสียแล้ว จึงได้ประคองตัวท่านให้นอนลง คราวนี้ปรากฏว่าร่างท่านอ่อน เพียงโน้มองค์ท่านลงนิดเดียวท่านก็นอนลงอย่างง่ายดายผิดกับเมื่อตอนแรกที่หนักเหมือนก้อนหินไม่สามารถทำให้ขยับเขยื้อนได้ ท่านอาจารย์กงแก้ว ท่านอาจารย์สอนซึ่งยังเป็นพระหนุ่ม อายุพรรษายังน้อย สุดจะกลั้นความรู้สึกได้ถึงกับปล่อยโฮออกมาอย่างแรง รู้สึกสลดสังเวชในการสูญเสียคพ่อแม่ครูอาจารย์ที่ท่านเคารพบูชาเป็นอย่างยิ่ง วันนี้เป็นวัน 3 ฯ 3 3 ค่ำ ปีมะเมีย คือ วันอังคาร แรม 3 ค่ำ เดือน 3 ปีมะเมีย ตรงกับวันที่ 3 เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2485 สิริรวมอายุของหลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล หรือ พระครูวิเวกพุทธกิจ ได้ 82 ปี อายุพรรษา 62
คณะสงฆ์ที่ติดตามหลวงปู่เสาร์ได้จัดการเก็บศพของท่านไว้ที่วัดศิริอำมาตย์ นครจำปาศักดิ์ เป็นเวลา 3 วัน 3 คืน ระหว่างนั้นก็ได้วิทยุแจ้งให้ทางหลวงปู่สิงห์ ขนตยาคโม และพระมหาปิ่น ปัญญาพโล ให้จัดรถไปรับศพของท่านกลับมาเพื่อบำเพ็ญกุศลที่วัดบูรพาราม อ.เมือง จ.อุบลราชธานี คณะศิษย์ได้นำศพหลวงปู่เสาร์กลับประเทศไทยเพื่อบำเพ็ญกุศล
เดือนเมษายนปี 2486 จึงได้จัดงานพิธีพระราชทานเพลิงศพให้กับหลวงปู่เสาร์ โดยมีหลวงปู่มั่น ภูริทัตโต เป็นประธาน ผู้ดำเนินงานคือ หลวงปู่สิงห์ ขันตยาคโม ส่วนผู้ที่ทำเมรุถวายคือหลวงปู่ดี ฉันโน นั่นเอง งานพระราชทานเพลิงศพนี้มีศิษยานุศิษย์ทั้งพระวิปัสสนากรรมฐานสายหลวงปู่เสาร์และหลวงปู่มั่น ตลอดจนพุทธศาสนิกชนที่มีความเลื่อมใสศรัทธาเข้าร่วมพิธีจำนวนมาก การมรณภาพของหลวงปู่เสาร์ในครั้งนี้นับได้ว่าเป็นความสูญเสียที่ยิ่งใหญ่ครั้งหนึ่งในพุทธศาสนิกชนชาวไทย
